1946年，中国共产党创立的东北银行专门学校。

1960年，由财贸部主导建立，原名吉林省财政金融学校。

1978年，中国人民银行总行在吉林省财政金融学校的基础上恢复建立吉林省银行学校（现长春金融高等专科学校），招生信贷班1个。

1979年，学校更名为吉林银行学校。

1983年，中国人民银行总行在学校内创办了中国人民银行吉林省分行职工大学。

1984年，吉林银行学校经总行、教育部、省政府批准升格为长春金融专科学校，设立金融系，分设信贷教研室和分析教研室。批准设置金融专业；成立了会计系，设有会计原理、银行会计、珠算、统计和计算机教研室。

1988年，金融系教研室调整为信贷教研室、国际金融教研室，农村金融教研室、保险教研室、经济活动分析教研室。

1989年，批准设置国际金融专业和证券投资与管理专业，证券投资与管理专业开始招生。

1992年，学校更名为长春金融高等专科学校，直属于中国人民银行总行。

1996年，国际金融专业开始招生，经济活动分析教研室调整到会计系。

1998年，金融管理系主体并入金融系，设有货币银行学教研室、财政与税收教研室、商业银行经营管理教研室、国际金融教研室、统计教研室、保险教研室。招生金融专业、国际金融专业和证券投资专业。

2000年，全国高校体制改革划为吉林省管理成为中央与地方共建、以吉林省政府管理为主的金融特色全日制普通高等院校。

2004年，金融系部分专业调出，成立长春金融高等专科学校经济管理系。金融系设立货币银行学教研室，银行业务教研室，非银行业务教研室，国际金融教研室。

2005年，金融业务专业和会计技术专业被分别授予吉林省高职高专教育首批“示范专业”、“特色专业”，金融业务专业更名为金融管理与实务专业。

2010年，学校与马来西亚王子学院合作办学，已招收四届。

2012年，金融系国际金融专业与美国班尼迪克大学合作办学。

2013年，学校依托“经济管理系大学生创业教育基地”设立“长春金融高等专科学校大学生创新创业研究中心”。 金融系教研室调整为金融基础教研室、国际金融教研室，银行业务教研室，证券业务教研室和保险教研室。招生金融管理与实务专业、国际金融专业、投资与理财专业、证券专业。

2014年5月学校通过高等职业院校人才培养工作评估。